Une nouvelle facette du génome de poule : les genes “longs non-codants"

Recent works in humans and model organisms have shown a massive new type of genes: genes transcribed intolong RNAs (≥ 200 nt) but not coding for proteins - these genes are called long noncoding RNA genes (lncRNA).These lncRNAs are a major component of the transcriptome and only a small fraction of them is described inpublic databases. Our study conducted on chicken shows that transcriptomic sequencing (RNA-Seq) on multiplebiological replicates of two tissues (liver and adipose tissue) allows us to predict a lncRNA catalog for these twotissues more exhaustive than lncRNAs catalog available in public databases. We also confirm that chickenlncRNA features are similar to those of human and murine lncRNAs described in the literature (shortertranscripts, less exons, sequences less conserved across species, more tissue-specific expression and lowerexpression than protein coding RNAs (mRNA)). In conclusion, we provide a comprehensive lncRNA repertoirein the chicken liver and adipose tissue and we highlighte a new lncRNA-mRNA pair in divergent position in thechicken genome (as in the human genome), highly co-expressed suggesting a common regulation mechanismthrough a bidirectional promoter and probably involved in cholesterol metabolism.De récents travaux effectués chez l’homme et des organismes modèles ont montré l’existence massive d’unnouveau type de gènes : des gènes transcrits en longs ARN (≥ 200 nt) mais ne codant pas de protéine – ces gènes sont appelés gènes à ARN longs non-codants (ARNlnc). Ces ARNlnc sont une composante majeure dutranscriptome et seule une petite fraction de ces ARNlnc est décrite aujourd’hui dans les bases de donnéespubliques. Nos travaux sur les ARNlnc de poule ont permis de montrer que le séquençage de transcrits (RNASeq) sur plusieurs réplicats biologiques de deux tissus (foie et tissu adipeux) permet de prédire un catalogue d’ARNlnc plus exhaustif pour les tissus considérés que ce qui est proposé dans les bases de données. Nous avons pu confirmer également que les caractéristiques des ARNlnc de poule sont similaires à celles décrites chez la souris ou chez l’Homme (transcrits plus courts, moins d’exons, séquences moins conservées entre les espèces, expression plus tissu spécifique et moins importante que les ARN codant pour des protéines (ARNm)). Nous mettons également en lumière un couple d’ARNlnc et ARNm (DHCR24) adjacent sur le génome et en position divergente dont l’expression est fortement corrélée et dont la position est conservée chez l’Homme suggérant un mécanisme de régulation commun via un promoteur dit « bi-directionnel » qui serait impliqué dans la synthèse du cholestérol